राष्ट्रीय जलविज्ञान संस्थान समिति संस्थान की सर्वोच्च संस्था है और वर्ष में कम से कम एक बार इसकी बैठक होती है। यह संस्थान की प्रगति और प्रदर्शन की समीक्षा करती है और शासी निकाय और संस्थान को ऐसे निर्देश देती है जो समिति के मेमोरेंडम ऑफ एसोसिएशन में निर्दिष्ट उद्देश्यों की प्राप्ति के लिए उपयुक्त हो सकते हैं। दस राज्यों के सिंचाई और प्रभारी जल संसाधन मंत्री और दस प्रतिष्ठित इंजीनियरों, जल संसाधन विशेषज्ञों को सोसाइटी के अध्यक्ष द्वारा तीन साल के कार्यकाल के लिए नामित किया जाता है। 31 मार्च, 2016 को समिति की सदस्यता को नीचे दर्शाया गया है।
13 दिसंबर 2002 को आयोजित अपनी विशेष आम बैठक में राजस. की सोसायटी द्वारा इस गठन को मंजूरी दी गई थी और नियमों के अनुसार 24 दिसंबर, 2003 , 22 नवंबर, 2006; (15 जनवरी, 2010 और 9 फरवरी, 2010); और (12 नवंबर, 2012 और 17 जून, 2013) को 10 मंत्रियों और विशेषज्ञों को बदला गया था ।